Orientierung im Buchstaben-Dschungel der Gene
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Da würde man ganz schön ins Schwitzen kommen, wenn man
sich im Gendschungel ohne die Bioinformatik zurecht finden
müsste.

Das menschliche Erbgut besteht aus drei Milliarden Buchstaben. Diese Gen-Buchstaben heißen Adenin (A), Guanin (G), Cytosin (C) und Thymin (T) und sind im DNA-Faden aneinandergereiht.

Nur ein Bruchteil dieser drei Milliarden Buchstaben, nämlich zwei Prozent, enthält jedoch Bauanleitungen für all die Stoffe, die ein Organismus zum Leben benötigt. Weite Bereiche haben keine oder bisher nicht bekannte Funktionen.

Um in diesem Wirrwarr die Bauanleitungen, also Gene, aufzuspüren, haben Wissenschaftler von der Gesellschaft für Biotechnologische Forschung (GBF) in Braunschweig einen Gen-Suchdienst entwickelt. Er heißt NGFN-BLAST und steht über das Internet jedem Wissenschaftler zur Verfügung. NGFN steht für Nationales Genomforschungsnetz, und BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) heißt übersetzt so viel wie " grundlegendes vergleichendes Suchinstrument". In diesem Namen steckt schon drin, was der Suchdienst außerdem noch kann: Er kann die Erbinformation verschiedener Organismen, zum Beispiel von Ratte, Maus und Mensch, miteinander vergleichen.

"AAAACCTTAAGAAATATTTT" – auch einem Genomforscher sagen diese Buchstaben zunächst gar nichts. Gibt man die Buchstabenfolge unter ngfnblast.gbf.de ein, durchsucht NGFN-BLAST zum Beispiel das Erbgut des Menschen, der Maus und der Ratte. Welches Erbgut durchsucht wird, kann man auswählen. Das spart Zeit bei der Suche und Auswertung. In diesem Fall bekäme man das Ergebnis, dass es sich um einen Teil des Gamma-Interferon-Gens handelt. Dieses Gen enthält die Bauanleitung für ein Eiweiß, mit dem unser Abwehrsystem Bakterien und Viren bekämpfen kann. Außerdem wird angezeigt, in welchen Buchstaben sich die Bauanleitungen für dieses Eiweiß zwischen Mensch, Maus und Ratte unterscheiden.

"Durch die hohe Auslastung der beiden hauptsächlich genutzten Suchdienste in Großbritannien und den USA gibt es oft lange Wartezeiten. Der neue Suchdienst NGFN-BLAST beschleunigt die Gen-Suche für die Mitglieder des NGFN", erklärt Dr. Norbert Bedorf von der Gesellschaft für Biotechnologische Forschung (GBF), Braunschweig. 

...mehr zum Thema: Gensuchdienst NGFN-BLAST 

 

 
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