Die produktiven Formen der Zusammenarbeit, die im NGFN entwickelt wurden, und die wissenschaftlichen Impulse, die von hier ausgehen, bilden auch die Grundlage für mehr als 1000 Kooperationen mit internationalen Universitäten und Forschungsinstituten. Partnerinstitute des NGFN sind in fast allen Ländern der Europäischen Gemeinschaft, aber auch in den USA, Mexiko, Israel, Kamerun, Togo und Bahrain sowie vielen anderen Ländern dieser Erde angesiedelt.

Ein weiterer Pluspunkt des Nationalen Genomforschungsnetzes ist die enge Verzahnung von Forschung und Industrie. Erst durch die enge Zusammenarbeit zwischen den Wissenschaftlern aus dem Genomforschungsnetz und der Wirtschaft können Therapien entwickelt und Medikamente in verlässlicher Qualität und hinreichender Menge hergestellt werden. Die am NGFN beteiligten Forschergruppen haben somit frühzeitig Kooperationen mit passenden Firmen gesucht und können bereits eine Vielzahl an kleinen und mittelständischen Unternehmen sowie an Unternehmen der Großindustrie als Partner benennen:

• Abeta GmbH, Heidelberg
• Amersham -Biosciences Europe GmbH, Freiburg
• AnalytiCon Discovery GmbH, Potsdam
• Applied Biosystems Applera Deutschland GmbH, Überlingen 
• Aventis Pharma, Paris, Frankreich
• Bio-Rad Laboratories GmbH, München
• Bitplane AG, Zürich, Schweiz
• Bruker Daltonik GmbH, Bremen
• Bruker Saxonia Analytik GmbH, Leipzig
• CONARIS Reserach Institute AG, Kiel
• CRAY Computer Deutschland GmbH, München
• DeveloGen AG, Göttingen
• Epidauros AG, Bernried
• Eppendorf AG, Hamburg
• Evotec OAI AG, Hamburg
• G2M Cancer Drugs AG, Frankfurt
• Galilei Software GmbH München
• GPC-Biotech AG, Martinsried
• Graffinity Pharmaceutical Design GmbH, Heidelberg
• IMGM Laboratories GmbH, Martiensried
• Ingenium Pharmaceutical AG, Martinsried
• IntegraGen S.A., Evry, Frankreich
• Labor für Medizinische Genetik, Martinsried
• Leica Mikroskopie und Systeme GmbH, Wetzlar
• Memorec-Stoffel GmbH, Köln
• MoReData GmbH, Gießen
• Nikon GmbH, Düsseldorf
• Novartis Pharma, Basel, Schweiz
• Olympus Co. (Europa) GmbH, Hamburg
• Omicron GmbH, Taunusstein
• Orion Pharma GmbH, Espoo, Finnland
• PE-Applied Biosystems GmbH, Weiterstadt
• PEPperPRINT, Heidelberg
• Perkin Elmer life sciences, USA
• phase-it intelligent solutions AG, Heidelberg
• Schering AG, Berlin
• Silicon Graphics, Mountain View, Kalifornien, USA
• T.I.L.L. Photonics GmbH, München
• UCB Pharma, Brüssel, Belgien
• Xantos Biomedicine AG, München
• Carl Zeiss, Jena